大五趾跳鼠分布于中亚卡扎克斯坦， 俄国， 土库曼，乌兹别克斯坦和中国大陆，新疆（塔城）等地，主要生活在沙漠地区。该物种的模式产地在前苏联中亚地区。该物种已列入《世界自然保护联盟》（IUCN）2013年濒危物种红色名录ver3.1—-易危（VU）。