大豆根潜蝇在国内分布于东北三省、内蒙古、河北、山东及山西等地，其中以黑龙江、吉林、内蒙古最为突出。主要在大豆苗期进行危害，食性单一，只危害大豆和野生大豆，幼虫在大豆苗根部皮层和木质部钻蛀危害，并排出粪便，造成根皮层腐烂，形成条状伤痕。受害根变粗、变褐、皮层开裂或畸形增生，幼虫的粪便和取食刺激韧皮组织木栓化，形成肿瘤，导致大豆根系受损伤而不能正常生长和吸收土壤中的各种营养成分。成虫刺破和舐食大豆幼苗的子叶和真叶，取食处形成小白点以至透明的小孔或呈枯斑状。