许多的文献中指出马来箱龟生活在热带雨林中，其实这资讯并不完整，应是生活在雨林中的沼泽或是沿岸的湖泊，且栖息在河流中的较少，虽然马来箱龟属于高度亲水的龟种，但其实泳技比起泽龟来说，仍差了一截，所以常栖息于流动较缓慢的湖泊沼泽。平时马来箱龟大多栖息于水中，并藏匿在水草中或是埋在河底的泥中，因此容易在岸边的一些挺水性植物丛中发现其踪迹，并较少到过深的水里(2m)，也少上岸，上岸时大多是为了晒太阳或是觅食。