最早的啮齿类化石发现于晚古新世。它的起源还不十分清楚。有人认为啮齿目起源于灵长目的更猴类，也有根据跟骨构造怀疑它起源于古肉食类的。但近年中国发现的古新世化石表明，啮齿类的起源可能和亚洲特有的宽臼兽类(Eurymylidae)，如晓鼠(Heomgs)有关。