瓦氏深海糯鳗，嘴唇不发达；前鼻孔为短管状，靠近吻端，后鼻孔为椭圆形，位于眼睛垂直中点前端水平线之上方。上眼窝有3个感觉孔，下眼窝有5个感觉孔，前鳃颚有10个感觉孔，颞骨接合处有1个感觉孔。