天然理心流创始人为远州（远江）人近藤内藏助裕长。据说近藤内藏助本是古流武术--天真正传香取神道流的传人，后来将此流派武术加以自己的理解，于宽政元年（1789年）创立了天然理心流。所以也有说法把天真正传香取神道流当作是天然理心流的远祖。