基金分仓佣金是指基金公司委托多个证券商同时进行基金买卖交易，交易成交后，按实际成交金额数的一定比例向证券商交纳的费用。简单来说，基金分仓佣金就是证券商代理基金公司买卖基金成交后的经营收入，或者说手续费收入。