《科学忍者团》故事说的是5个年轻的超级英雄被一家国际科学组织召集到一起，以对付高科技装备的“恶魔党”（Galactor），后者妄图控制地球上的自然资源，忍者队成员想要阻止他们必须击败他们造的各种各样的怪物。