中华人民共和国镇江海关于1987年9月1日正式成立，现内设1个正处级机构（缉私分局）、15个科（室）和1个事业单位（机关服务中心），下辖驻丹阳办事处。镇江海关隶属南京海关领导，为正处级海关，负责镇江市范围内进出境运输工具、货物和物品的监管，征收关税和其他税费，查缉走私，编制海关统计等业务。