泉州市卫生局是泉州市政府主管全市卫生工作的工作部门。内设科室有：办公室、规划财务科、疾病控制科（卫生法制与监督科）、卫生应急办公室（市突发公共卫生事件应急指挥中心）、基层卫生与妇幼保健科、医政科（中医药科、市药品集中采购管理办公室）、行政审核审批科、干部保健办公室（市干部保健委员会办公室）、爱国卫生运动办公室（市爱国卫生运动委员会办公室），系统党委办公室，产业工会。市纪委派驻机构：卫生局监察室。