上海市青浦区财政局有13个科，即：办公室、人事教育科、机关党工委、监察室、财政监督科、预算科、国库科、行政事业科、经济建设科、农业科（增挂农业综合开发办公室牌子）、社会保障科、企业（投融资）科、会计科。