三明市档案局的前身为三明市档案管理科，成立于1960年7月，1963年7月改称为三明专区档案局，与档案馆合署办公。1983年7月地改市，专区档案管理局与档案馆同时更名为三明市档案局和三明市档案馆。1997年机构改革，三明市档案局与档案馆合并，一个机构，挂档案局、档案馆两块牌子，履行全市档案事业管理和档案保管利用两种职能，为市委、市政府直属机构，正处级单位，由中共三明市委直接管理。