根据中共安徽省委、安徽省人民政府《关于全省市、县机构改革的实施意见》（皖发[2002]16号）精神，设置阜阳市地方税务局。阜阳市地方税务局为省地方税务局主管本地区地方税收工作的直属机构。2018年7月5日，国家税务总局阜阳市税务局挂牌成立，标志着原阜阳市国家税务局、阜阳市地方税务局正式合并。