切除修复 (excission repair):对多种DNA损伤包括碱基脱落形成的无碱基点、嘧啶二聚体、碱基烷基化、单链断裂等都能起修复作用。此系统是在几种酶的协同作用下，先在损伤的任一端打开磷酸二酯键，然后外切掉碱基或一段寡核苷酸；留下的缺口由修复性合成来填补，再由连接酶将其连接起来。不同的DNA损伤需要不同的特殊核酸内切酶来识别和切割。