海西蒙古族藏族自治州人民政府是海西蒙古族藏族自治州人民代表大会的执行机关，是海西蒙古族藏族自治州的国家行政机关，对海西蒙古族藏族自治州人民代表大会和青海省人民政府负责并报告工作，在海西蒙古族藏族自治州人民代表大会闭幕期间，对海西蒙古族藏族自治州人民代表大会常务委员会负责并报告工作，每届任期五年，实行州长负责制。