海西州财政局设10个职能科室和3个中心：办公室、预算科、行财社保科、农财农税科、综合科、国库科、监督检查科、经济建设科、农业综合开发办公室、政府采购管理办公室；政府采购中心、计算信息中心、国库支付中心。