1999年广州市财政、地税机构分设，广州市地方税务局于当年2月8日开始独立运作，是广东省地方税务局下属的副厅级单位。国家税务总局广州市税务局，是由原广州市国家税务局、原广州市地方税务局合并而成。2018年7月5日上午，在庄严的升国旗、唱国歌仪式后，国家税务总局广州市税务局正式挂牌成立，标志着原广州市国家税务局、原广州市地方税务局正式合并。