徐州海关成立于1995年12月28日，隶属于南京海关，为正处级建制。内设办公室、通关科、监管一科、监管二科、备案科、稽查科、机关服务中心7个部门，同时，设有徐州海关缉私分局（正处级单位）。徐州海关主要负责监管徐州地区（二市、三县、五区和徐州经济技术开发区）进出境的运输工具、货物和物品，征收关税和其它税费，查缉走私，并编制海关统计。