武鸣县卫生局是县人民政府职能部门，主管全县医疗卫生工作。内设行政秘书股、规划财务股、业务股（行政审批办公室）、艾滋病管理股、人事股、县爱国卫生运动委员会办公室、县防治艾滋病办公室等7个职能股室。局属事业单位20个，分别为武鸣县人民医院、中医医院、妇幼保健院、卫生监督所、疾病预防控制中心、新型农村合作医疗管理中心、13家镇卫生院等。2011年，全县卫生系统在职职工2315人，在职卫生技术人员1881人，具有高级职称36人，中级职称639人人。