吴江市水利局是市政府主管水利的行政机关，负责制定全市水利发展战略、中长期规划、年度计划，组织编制全市城镇、区域防洪治涝综合治理规划；负责农田水利工程和流域性水利工程建设、质量监督、验收和管理；负责全市河道、湖泊等水域及其岸线和水利工程设施的管理及保护；负责全市水资源统一管理和保护，水量调度及配置，取水许可审批，工程水费和水资源费征收；负责水法规的贯彻实施，水规章办法的制定，违法违章案件查处，水事纠纷协调；主管全市防汛防旱日常工作；负责水利行业管理。