厦门市教育局为市人民政府工作部门，与中共厦门市委教育工作委员会合署办公。设16个内设机构，分别是办公室（市委教育工作委员会办公室）、基础教育处、高等教育处、发展规划处、财务处、国际合作与交流处（港澳台事务办公室）、职业教育与成人教育处、体育卫生与艺术教育处、学校安全保卫处（市未成年人保护委员会办公室）、语言文字工作处（市语言文字工作委员会办公室）、组织处（统战处、机关党委）、宣传教育处、德育处、人事处、离退休干部工作处、教育工会。另派驻市教育纪工委和监察室。