漠河口岸位于漠河市东北部黑龙江上游右岸的连茵（具体方位坐标东经123度53分，北纬53度28分)，这里地势平坦，紧靠江边，同俄阿穆尔州斯克沃迪诺区加林达镇隔江相望(江面宽度约在500米左右)。