梅州海关成立于1991年，1989年3月29日，国务院同意梅州机场设置口岸检查检验机构，批准设立梅州海关。同年4月21日，海关总署决定设立梅州海关(正处级)，隶属汕头海关。1991年7月28日，梅州海关正式开关。梅州海关业务管辖区域为梅州市。梅州海关内设办公室、综合业务科、监管科、稽查科。其主要任务和职责为：负责梅州机场进出境旅客行李物品和本关区口岸陆运进出口货物的通关监管、税费征管、海关统计、稽查、风险管理、企业管理以及加工贸易监管、外商投资企业投资额度内生产设备进口审批、保税仓监管等业务。