巴中市卫生局是根据中共四川省委、省人民政府《关于四川省市、县机构改革的指导意见》和中共巴中市委、市政府《关于巴中市市政府机构改革方案的实施意见》（巴委发[2005]11号）设立，是主管全市卫生工作的市政府工作部门。