巴东县移民局成立于1985年，为正科级单位，2010年机构改革确定为县政府工作部门。加挂三峡水库管理局、清江水布垭工程服务和协调办公室牌子，为主管全县移民工作的县政府工作部门。主要负责县内国家、省重点水利水电工程移民工作。内设机构有办公室、计划财务审计股、农村移民安置股、城镇迁建股、专业项目企业迁建股、水库管理股、移民后扶股、信访股共八个职能股室，现有职工35人。隶属管理的事业单位一个县移民培训中心，在职职工9人。县移民局于2003年被州委、州政府授为州级文明单位，2005年被州委、州人民政府授予州级最佳文明单位，2008年授予州级最佳文明单位。