通化市环保局组建于1980年。1985年，原地区环保处和市环保局合并，成立了新的通化市环境保护局。环境保护是我国的一项基本国策。根据《中共吉林省委办公厅、吉林省人民政府办公厅关于印发‹通化市人民政府机构改革方案›的通知》（吉厅字﹝2009﹞20号），设立通化市环境保护局，为市政府工作部门。参照国家环境保护部和吉林省环境保护厅的职责设定和内设机构，确定通化市环境保护局工作职责和内设机构。