吉首市财政局位于吉首市团结西路。内设办公室、预算股、农业股、农业开发办、行政政法股、教科文股、会计股、综合股、土地资金收益管理股、企业股、经济建设股、统计评价股、产权股、清产核资办、外经股、世行办、监督检查股、国库股、法规股、社保股、政工股、控购办、税政法规股、财源建设办公室、工资发放中心、会计培训中心、政府采购中心等27个股室，辖会计核算中心、非税收入管理局、农税局3个副科级单位，下设15个乡镇(街道)财政所。