济宁市人民检察院下辖任城、微山、鱼台、金乡、嘉祥、汶上、泗水、梁山、曲阜、兖州、邹城11个县（市、区）检察院和城郊院1个派出检察院，市院机关下设办公室、政治部、侦查监督处、公诉处、反贪污贿赂局、反渎职侵权局、监所检察处、民事行政检察处、控告申诉检察处、职务犯罪预防处、检察技术处、法律政策研究室、警务处、行政装备处、离退休干部处、监察处、检务督察办公室、信息管理处、人民监督员办公室等19个内设机构。目前，市院共有编制182个，实有169人。