惠州市地方税务局成立于1994年9月28日，隶属于广东省地方税务局垂直管理，是主管全市地方税务工作的正处级建制的职能机构，实行由广东省地方税务局和惠州市委、市政府的双重领导，以省局领导为主的管理体制。市以下地方税务系统实行上级地方税务机关和同级人民政府双重领导，以地方税务机关垂直管理为主的管理体制，其机构、编制、经费、领导干部职务任免按照下管一级的原则实行垂直管理。2018年7月5日，国家税务总局惠州市税务局正式挂牌，标志着原惠州市国家税务局、原惠州市地方税务局正式合并。