黄山海关于1996年11月12日正式开关，是隶属于合肥海关领导的处级海关。为适应国际航班的开通，1992年国务院同意开放黄山航空口岸（国函[1992]114号），筹建黄山海关（署人[1992]1685号）。1993年5月，合肥海关在黄山设立旅检科。