全内蒙古自治区地方税务局于1994年8月正式挂牌成立，是内蒙古自治区人民政府主管地方税务工作的职能部门。自治区地方税务局从加强税收管理的政策、法规建设和监督检查、综合协调能力等方面实现职能转变。充分运用税收杠杆，对经济进行宏观调控，促进地方经济发展，增加地方财政收入。2018年6月15日，国家税务总局内蒙古自治区税务局挂牌，标志着原内蒙古自治区国家税务局、内蒙古自治区地方税务局正式合并。