内蒙古自治区档案馆始建于1959年4月9日，受自治区党委、政府双重领导，以集中管理区级党政机关、人民团体档案为主，并保管有部分企业事业等单位档案的科学文化事业机构。2001年8月的机构改革中，自治区档案馆与档案局合并，内蒙古自治区档案局（馆）成为一个机构，挂内蒙古自治区档案局、内蒙古自治区档案馆两块牌子，厅级建制，由自治区党委办公厅管理。