南通市总工会是全市工会工作的领导机构，接受市委和省总工会的领导。南通市总工会，成立于1949年，下辖6个县（市）级工会，3个区级工会，14个产业（系统）工会，6个集团公司工会和近100家市总直属基层工会。至2008年9月，全市组建基层工会的单位数达2.4万余家，会员总数近141.1万人。