1954年6月18日，江苏省南通市人民检察署成立，次年1月，更为现名。1966年下半年，该院受“文革”中“造反派”冲击，机关陷入半瘫痪状态。次年5月，该院被军事管制，1968年底，被正式撤消。1978年10月31日，南通市人民检察院依法恢复重建。次年起，管辖新建的南通市城中区、港闸区、郊区3个区检察院。