南平海关是受福州海关直接领导正处级机构。按授权负责南平市行政辖区（不含武夷山市行政辖区）海关各类管理工作的执行机构。负责党的基层组织建设和干部队伍建设；办理具体海关业务，反馈执法作业结果；承办上级交办的其他工作事项。