1994年，根据国务院《关于实行分税制财政管理体制的决定》，经国家税务总局和广西壮族自治区人民政府批准，广西国税、地税机构分设。经广西壮族自治区地方税务局批准，1994年9月22日南宁市地方税务局挂牌成立，1995年1月1日起，南宁市地方税务局独立运行。2018年7月5日，国家税务总局南宁市税务局正式挂牌，标志着原南宁市国家税务局、原南宁市地方税务局正式合并。