荆州市国家税务局作为负责本地区国家税收征管的职能部门，1994年机构成立。2018年7月5日，根据《中共中央关于深化党和国家机构改革的决定》《国务院机构改革方案》和国家税务总局关于国税地税征管体制改革的部署要求，荆州市国家税务局、地方税务局正式合并成立国家税务总局荆州市税务局。