扬州海关历史悠久，唐开元年间即设有古代海关机构“市舶司”。明宣德四年设“扬由关”。改革开放以后，伴随着扬州开放型经济的快速发展，扬州海关于1995年6月9日开关，为正处级机构，隶属南京海关。扬州海关位于扬州市中心城区，江泽民同志在开关前为扬州海关题写了关名。