重元寺初名重玄寺，始建于梁武帝天监二年（公元503年），与寒山寺、灵岩寺及保圣寺同时代。清代因避康熙帝玄烨之讳，改“玄”为“元”，重元寺名就一直沿用。后重元寺在文革中完全损毁。2003年11月经江苏省人民政府批准恢复重建重元寺，寒山寺住持秋爽大和尚兼任住持。2019年10月，苏州重元寺主动退出4A级景区，经江苏省文化和旅游厅复核检查，已做出同意其退出的决定。