根据《自治区党委自治区人民政府关于区直机构改革的实施意见》（桂发[2004]1号）和《自治区党委自治区人民政府关于自治区党委和自治区人民政府机构设置的通知》（桂发[2004]2号），撤销在自治区农业厅挂牌的自治区乡镇企业管理局，保留自治区农业厅。自治区农业厅是主管全区农业和农村经济发展的自治区人民政府组成部门。