浙江神学院创办于1984年10月，当时在杭州市解放路132号思澄堂一楼和后面的“牧师楼”分别作教室和学生宿舍。1991年，搬进位于思澄堂后面的五层楼新院舍。2000年7月，浙江神学院迁到位于杭州市滨江区江陵路1425号与浙江省基督教培训中心共享的新院舍，占地面积12亩，建筑面积8616平方米。