崇左市（原南宁地区）环境保护机构始创于80年代，2003年11月崇左市环境保护局正式挂牌成立，是崇左市人民政府环境保护行政主管部门，为市政府组成部门，正处级行政单位。领导班子配备为：局长，党组书记，2名副局长。局机关内设办公室、监督管理科、污染控制科、自然生态保护科、科技标准宣教科和派出机构江州分局，辖市环境监察支队、市环境保护监测站和市环境科学研究所。全市环保系统共有人员219人，其中科技人员81人。