亳州市财政局是市政府的重要工作部门，正处级建制。市国有资产监督管理委员会和财政局合署办公。局党组为市委的派出机构。机关内设科室14个：办公室、综合科、预算科、公共支出科、经济建设科、国有资产监督管理科、农业科、社会保障科、农村财政管理局、国库科、财政监督局（会计科）、企业科、民生办、投资科（金融科）。二级机构4个，市国库支付中心、市农业综合开发办公室，市非税收入管理局，市财政评审中心。市财政局机关行政编制36名。其中：局长1名，副局长3名；科级领导职数14名。