高能磷酸键指磷酸化合物中具有高能的磷酸键，其键能在5kcal/mol(1cal=4.18J)以上。如酰基磷酸化物、焦磷酸化物、烯醇式磷酸化物中的磷氧键型(—O～P)，酰基辅酶A中的硫酯键型(-CO-S) ，S-腺苷甲硫氨酸中的甲硫键型(-S-CH3)和胍基磷酸化物的氮磷键型(—N～P)均属高能磷酸键。