《净土慈悲集》是慧日的主要著作。全书分作三卷，第一卷先举异见。依据经论和教理一一加以破斥。第二、三两卷均佚，今据卷首所叙，可知第二卷系广引经教，证成念佛的正宗；第三卷更会释诸教古今疑滞，校量诸行出离之迟速，而阐明自宗的立场。