马来眼子菜为多年生沉水草本。根茎发达，白色，节处生有须根。茎圆柱形，直径约2毫米，不分枝或具少数分枝，节间长可达10余厘米。果实倒卵形，长约3毫米，两侧稍扁，背部明显3脊，中脊狭翅状，侧脊锐。花果期6-10月。