内生菌根是真菌菌丝穿入到高等植物的根部细胞里，在细胞内进行繁殖。内生菌根外表形态不明显，肉眼难以观察到，要经过染色，在显微镜下才可看到。内生菌根发育在草本植物中较多，兰科植物具有典型的内生菌根，此外许多树木也能形成内生菌根，如柏、雪松、红豆杉、核桃、白蜡、杨、楸、杜鹃、槭、桑、葡萄、李、柑橘、茶、咖啡、橡胶等，组成菌根的真菌类型比较原始。可以增加植根部吸收面积，可促进作物生长，增加对水分、矿物营养之吸收能力，特别是对于磷肥的吸收，提早开花与结果，增加花朵数，提高幼苗移植存活率，并可中和重金属毒害，增加植株耐干旱及病害之能力等。