兼性厌氧菌（facultative anaerobe）又称兼嫌气性微生物，兼嫌气菌、兼性好氧菌。在有氧或无氧环境中均能生长繁殖的微生物。可在有氧（O2）或缺氧条件下，可通过不同的氧化方式获得能量，兼有有氧呼吸和无氧发酵两种功能。如酵母菌在有氧环境中进行有氧呼吸，在缺氧条件下发酵葡萄糖生成酒精和二氧化碳。