近交衰退产生的原因是近交增加了有害等位基因纯合几率，导致个体适应能力下降，同时这也是近亲交配产生致病基因的原因之一。种群变小是导致近交衰退的主要原因，在实际研究中发现近交衰退并非一定明显表现出来，这可能有以下几个主要的原因遗传负荷的淘汰、在较好的环境下近交衰退会表现不明显、并非能在所有性状中检测到近交衰退、近交衰退只出现在某些发育阶段和不同家系、种群、个体中的近交衰退程度不同。这提示我们近交衰退与生态及遗传密切相关。