西索霉素的抗菌性质与庆大霉素相似，对金黄色葡萄球菌和大肠杆菌、克雷白菌属、变形杆菌属、肠杆菌属、铜绿假单胞菌属、痢疾志贺菌等革兰阴性杆菌有效。对铜绿假单胞菌的抗菌作用较庆大霉霉素强，与妥布霉素相近；对沙雷菌属的作用低于庆大霉素，但高于妥布霉素。